En janvier 1794, il est attaché à l'état major de Turreau

Le 10 février, venant de Montaigu, il arrive trop tard pour secourir Moulin attaqué à Cholet. Avec Cordellier, il l'enterre "dans son costume de général, au pied de l'arbre de la liberté."

Le 15 février, il est nommé commandant de la place de Cholet.

Le 26 février, il part "en promenade contre l'ennemi avec quinze cents hommes bien disposées à se battre.". Il commence par incendier Mortagne sur Sèvre avant d'y bivouaquer.

Le 27 février, il arrive à La Verrie où incendies et massacres marquent son passage, mais il déplore de trouver que "peu de ces coquins là". Il se dirige ensuite vers La Gaubretière où sa colonne massacre au moins 500 personnes avec des raffinements de cruauté (voir les pages qui sont consacrées à cet épisodes) . Il poursuit sa route vers Saint Malo du Bois qu'il incendie (la population s'est enfuie). Au passage il détruit Chambretaud. Après une escale à Saint Laurent sur Sèvre (déserté mais incendié), il regagne Cholet.

Le 3 mars, son second Lusignan quitte Cholet en fin d'après-midi et va bivouaquer à Nuaillé.

Le 4 mars, Lusignan marchant sur Vezins est attaqué par Stofflet et malgré le secours de Grignon reflue sur Cholet.

Le 6 mars, il repart de Cholet, passe par Vezins "nous tuâmes tout ce que nous y trouvâmes" il met en déroute un troupe vendéenne au Coudray Montbault et arrive enfin à Vihiers.

Le 24 mars, il est envoyé à Luçon pour prendre le commandement de la ville et de ses environs et "enlever les subsistances et fourrages ... incendier sans exception tous les bourgs, villages, fours et moulins ..." Le 25 mars, il arrive à Luçon où il remplace le général Bard dans une zone totalement acquise aux idées révolutionnaires et où il n’existe aucune «contre-révolution». Le 28 mars, il entreprend la visite du "pays incendié" en commençant par Mareuil sur Lay et les Quatre Chemins.

Le 29 mars, il poursuit sa visite par La Claye et soupe à Mareuil où il donne ses dernières instructions à son second Goy-Martinière.

Le 30 mars, il ordonne à tous ses chefs de colonne d'arrêter les incendies. Goy-Martinière quitte Mareuil, passe par Bellenoue (incendie et 80 personnes massacrées) et arrive à Château-Guibert.

Le 31 mars, il termine la visite de ses postes tandis que Goy-Martinière incendie Château-Guibert.

Le 1 avril, Goy-Martinière revient à Mareuil, il a "parcouru 18 endroits" semant l'incendie et la mort.

Le 6 avril, sous la pression du tollé qu'a provoqué l'expédition de Goy-Martinière (dans une zone totalement républicaine), il est contraint de le mettre aux arrêts.

Le 9 avril, il est arrêté par le Comité de surveillance et révolutionnaire de Luçon. Il est envoyé sous escorte à Rochefort où il est mis à la disposition de l'accusateur public.

Le 11 avril, traduit devant la Commission de Fontenay, Goy-Martinière est condamné à mort et immédiatement fusillé.

Le 16 avril, furieux de son arrestation, les représentants Hentz et Francastel dissolvent la société populaire de Fontenay

Le 17 avril, Hentz et Francastel, pour le même motif mettent "l'infâme Luçon" en état de siège

Le 18 avril, il est remplacé provisoirement au commandement de Luçon par l'Adjudant Général Cortez.

Le 16 juin blanchi à Paris des accusations portées contre lui à Luçon il reçoit de Vimeux le commandement de la 1° division de l'Armée de l'Ouest refusée par Duquesnoy avec son quartier général à Montaigu.

Le 9 vendémiaire an 3 (30/9/1794) un décret de la Convention le met en état d'arrestation.